北交所佣金由证券公司双向收取，监管划定上限为成交金额千分之三，没有统一固定费率，投资者可和券商协商调整，同时要区分佣金与印花税、经手费、过户费等其他固定交易费用，不能混为一谈。投资者自行在券商APP开通北交所权限，系统默认佣金普遍偏高，大多维持在万分之五上下，想要更低费率，需要单独联系客户经理申请，值得注意的是主板、创业板协商好的佣金标准无法自动同步至北交所，需要单独针对北交所板块调佣。
投资者洽谈佣金时，首要分清全佣与净佣两种报价模式，这也是很多交易者容易踩坑的地方。全佣模式佣金报价内已经包含交易所经手费、证管费，交易过程不会产生额外扣费；净佣仅仅是券商收取的服务费，交易所规费会单独叠加收取，看似费率更低，实际综合交易成本更高。北交所经手费为成交金额万分之1.25双向收取，属于交易所统一收取的固定费用，所有券商标准一致，无法协商减免，过户费按照成交金额万分之0.1双向收取，卖出时还会单边征收万分之五的印花税，这几项费用独立于佣金之外，计算交易成本时需要一并纳入测算。
关于佣金最低收费规则，不同券商执行标准存在明显分化。部分券商延续沪深A股规则，设置单笔佣金最低5元门槛，小额交易时，按照费率计算得出的佣金不足5元，依旧按5元收取；另有不少券商针对北交所取消5元最低限制，适合小额分批布局北交所个股的投资者。资金体量、月度交易频次是券商制定优惠费率的核心参考条件，长期大额交易、高频交易者拥有更大议价空间，普通中小投资者也可以多对比多家券商政策，优先选择支持取消最低佣金限制、采用全佣报价的方案。
实操层面有不少细节可以帮助投资者控制交易损耗。佣金调整完成后一般次日生效，调佣完成建议通过交割单核对每一笔扣费明细，确认报价模式、费率是否和协商结果一致。北交所个股涨跌幅限制达到30%，市场波动较大，叠加相对更高的固定规费，频繁短线交易会持续放大交易成本，单纯依靠降低佣金很难抵消频繁换手带来的损耗。另外，开通北交所权限有资产与交易经验门槛，投资者在开通权限协商佣金阶段，就要提前确认费率方案，避免开通权限之后再调整产生不必要的沟通成本。
